“也許有什么派得上用場的儀器，這間公司不是有一堆先進的東東嗎！”
小霞有些無奈的跟著赤紅一起檢查這一些東西,她猜測也許有某個儀器干擾了發信裝置的運作，讓他們找不到那一位城龍刑警，結果意外的發現某個小霞認識的儀器。
“這不是化石修復裝置嗎！”
“什么進化石？”
“化。石。修。復。裝。置！赤紅你忘記你搞壞的東西了嗎！害本小姐造成了巨大的損失，你一直沒有賠給我啊！！！”
“痛痛痛，別再拉我耳朵了！”
化石修復裝置的外觀相當魔幻，像是把電腦、電冰箱、透明水槽和巨大絞肉機裝在了一起，比起說是高科技裝置，更像是會在食品加工廠中會出現的儀器，類似全自動香腸制造機之類的物品。
小霞會和赤紅、小剛兩人一起旅行，起因不是像是寶可夢動畫版那樣，皮卡丘電爆了小霞的腳踏車，憤怒的小霞向赤紅索要賠償，而是因為遠古寶可夢的化石。
在尼比市和華藍市之間隔著一座月見山，這一座山脈除了出產稀有的“月之石”進化石，還有挖掘出遠古寶可夢的化石,其中的發現的貝殼化石、甲殼化石，被學者們證明是古代的水系寶可夢，給地質研究者們帶來巨大的震撼，高聳的月見山過去似乎是沉在海底下，關都地區在遠古時期并不存在。
為了證明這一系列的發現,寶可夢學者開始了復蘇化石寶可夢的工作，開發出了一套特殊的儀器，從化石中提取寶可夢的基因情報，讓這一些遠古的水系寶可夢可以在現代重現。
在關東地區中，尼比市的科學博物館、紅蓮島上的紅蓮研究所,這兩座設施有著復蘇化石寶可夢的技術和相關的裝置。
小霞多次進出月見山的地底探險，最終獲得了幾塊狀況良好的化石，準備利用尼比市的科學博物館來復蘇寶可夢，想要獲得稀奇的水系同伴，結果這一個計劃已久的愿望，被來到尼比市挑戰道館的赤紅給嚴重破壞了。
初出茅廬的赤紅在前往尼比市的旅途中，意外的驚擾了烈雀的領域，烈雀是和大針蜂并列的新人訓練家殺手，經驗不足的訓練家往往會因為這兩種寶可夢而吃大虧。
赤紅和同伴們被大量的烈雀們追逐，最后是依靠皮卡丘在雷雨的環境中，接引了大自然的落雷，使用出超乎尋常的電系招式，才終于將執著的烈雀群成功驅趕走。
但是吸收了過量的電力，讓皮卡丘處于一種電氣疾病的狀態，表面上會讓皮卡丘的電系招式增幅出超越等級的效果，長時間下來會對寶可夢會產生嚴重的問題。
只是天真的赤紅沒有注意到這一個問題，挑戰道館心切的他沒有在寶可夢中心好好進行檢查，就急匆匆去了尼比道館，之后的事情之前也有提過了，迷失在道館首領身份的小剛，同樣沒有注意到皮卡丘的問題，導致了尼比道館的大破壞。
皮卡丘的電擊可以說將整個尼比道館給轟炸了一遍，小剛的大巖蛇不是敗在電擊上，而是電擊造成的沖擊波，地面系免疫電系攻擊是寶可夢世界的基礎，但是除此之外的物理現象還是無法幸免。
強力的電擊破壞了尼比道館的基礎設施，同時也將一旁的科學博物館中的各種儀是器給燒壞，這事后是用小剛管理不到位為由，免除了赤紅的賠償責任，一切的復原經費將由尼比道館去支付。
返回尼比道館的小剛的父親，武能館主還以此為借口，剝奪了小剛的道館首領資格，實質上是讓小剛可以外出旅行，實現他成為寶可夢培育的心愿。
赤紅和小剛也就此湊在了一起，踏上了他們的寶可夢之旅。看似可喜可賀的結局，卻有一個人遭受了巨大的損失，那就是當時在科學博物館修復化石的小霞。
小霞正巧在皮卡丘引發騷動時，在科學博物館中操作化石的復原工程，由于電擊導致了化石修復裝置的燒毀，小霞辛辛苦苦挖掘出來的遠古化石也就報銷了。
照理來說，小霞的損失也可以算在尼比道館的賠償中，但是這一個女孩似乎和赤紅八字不合，在小霞氣急敗壞的尋找兇手時，赤紅這一個不正經的家伙卻連一句道歉都沒有，反而認為幾塊石頭再找就有了，并不值得那么高的價格，結果讓小霞給氣炸了。
小霞硬是拉著赤紅、小剛兩人，三個人在月見山中待了整整十多天，灰頭土臉的赤紅才終于挖掘出讓小霞滿意的化石，把赤紅給折騰個半死后才算是讓小霞氣消，三人組因為這一次的事件才開始湊在一起。
華藍市的道館挑戰、圣安奴號豪華郵輪上的比賽等等的事件，加深了三人組的友誼與配合。
不過三人旅行的目的還是不同的，赤紅是為了成為寶可夢大師而旅行，搜集八個道館徽章來挑戰石英大會。
小剛是為了成為寶可夢培育家，本來玉虹市會是他的一個終點，這里有著玉虹大學和各種培育家的課程，只可惜因為火箭隊的破壞，需要暫時延期一段時間。
小霞則是為了進行水系寶可夢修行，位于大洋中的紅蓮島就是她的目的地，那里有著另一個可以修復化石的研究所，加上海島環境充滿著水系寶可夢，是她理想的修行場域。
如今看來，小霞希望復活化石寶可夢這一件事可以提前了。
“原來如此，儀器本來就是西爾佛公司打造的，這里當然有原型機啊！”
小霞高興的找出貝殼、甲殼化石，準備操作儀器去迎接她期待已久的水系寶可夢，赤紅則是潑了她一通冷水。
“這么復雜的儀器小霞妳會用嗎？”
“……不會。”
明明是一件開心的事情，為什么就沒有辦法順利完成呢！
小霞死死的盯著赤紅，把赤紅看的心理發毛，但就算是這樣他也沒有辦法啊！
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