回到西安的葉布舒，一方面整軍備戰擴充實力，另一方面通過西傳教士大力發展新式武器。只要一切進行的順利，三到五年后，葉布舒就會給西北的大軍都配備上強大火器。
此刻，北京的多爾袞，在獨攬朝中大權之后，開始用比較柔和的手段控制朝政，積極彌補因為和葉布舒爭斗而產生的政治問題。
經過多爾袞幾個月的努力，北京城人心開始安定下來。多爾袞見阿齊格和多鐸在中原進展緩慢，于是決定親自帶軍南下，解決在南京的弘光政權。
而此時的弘光政權從建立到現在，始終沒有安定下來。以史可法和馬士英為首的兩派，陷入無休止的內部爭斗，再加上以錢謙益為首東林黨的摻和，別說守住半壁江山，維持現狀都已困難重重，已經到了土崩瓦解的邊緣。
東林黨本來就對小福王朱由崧繼位不滿，這個不滿來自于朱由崧的父親福王朱常洵和他祖母，萬歷的鄭貴妃。
萬歷時，正是東林黨人堅持了十幾年，才斗敗鄭貴妃，沒有讓福王繼位，這件事也是東林黨人最引以為傲的功績。東林黨人見這個福王朱常洵的兒子要登上皇位，自然十分不愿意。另外他們也害怕這個小福王一旦登上皇位，會對東林黨進行報復。
在多方勢力的參與和攪動下，南明弘光朝發生了針對朱由崧的南渡三案。
這一年，不知哪里來了一個和尚，說自己是定王(太子朱慈烺的胞弟)，在逃難中出家為僧，法名為大悲。他覺得潞王朱常淓賢明，應當做皇帝。
就在半夜來到南京的皇宮外叩響宮門，要求見弘光皇帝朱由崧，要勸說他下臺讓賢。
這對剛剛稱帝的朱由崧來說，十分尷尬。所以剛得知宮外來了一個“王爺”，不加調查就下令逮捕。
后來在朝堂對質時，大悲和尚更是當著滿朝大臣的面，要求朱由崧退位讓位賢。氣惱的朱由崧立刻傳旨，把和尚送交刑部嚴加拷訊。在宮中掌權的馬士英，阮大成猜想必定是有人背后指使，為了不引起過多的風波，就直接將這和尚斬首示眾。
這個大悲和尚的雖然死了，但在民間卻引起了不小的波動，人們都認為這是弘光皇帝朱由崧為保皇位，而擅殺崇楨皇帝的兒子。在東林黨的鼓動下，南明百姓對弘光皇帝日益不滿。
原以為風波過后，南京城就會平靜，沒有想到，幾個月后第二件事情又來了。
當年李自成大軍攻克洛陽，殺死了禍國殃民的福王朱常洵，朱常洵的王妃鄒氏和世子朱由崧大難不死，從洛陽城里狼狽外逃。在尉氏縣留宿時，遇到了一女子童氏。朱由崧垂涎童氏的姿色，對她出言引誘，并發生了關系。后來在繼續南逃途中，三人走散，各奔一方。童氏顛沛流離，還曾在逃難路上生下個孩子，但不幸夭折在逃難的路上。
朱由崧當上皇帝后，尋訪到母親鄒氏下落，把鄒妃接到南京享福。消息外傳后，這個童氏也希望朱由崧能念舊情，接她入宮。河南巡按御史陳潛夫知道這件舊事，就把童氏的下落上奏朝廷，但朱由崧沒有理睬。沒有承認，也沒有否認。
河南巡撫越其杰與鎮守歸德的廣昌伯劉良佐，對童氏和當今皇上的關系也深信不疑，于是就把她送到南京和朱由崧團圓。
這時正在南京廣招秀女的朱由崧聽說這個童氏來了，并沒有召見。只說她是“妖婦”，要趕她走。
河南的廣昌伯劉良佐給朝廷送來的奏疏，聲言“童氏非假冒”。就連在南京的馬士英見了童氏后，都認為童氏不假，主張迎她進宮。
但無奈朱由崧就是不同意，還叫來一個叫屈尚忠的太監把童氏抓進大獄嚴加拷訊，結果童氏死不改口，最后被餓死在獄中。
童氏死了，但童氏在獄中的供詞卻流傳出來，把她和朱由崧共同生活的情況，包括朱由崧最初勾引她所講的話，都說的明明白白。時間、地點、人物、事件一個不差。很難讓人不相信是真的。
本以為是快刀斬亂麻，卻不想在民間引起了更大的不滿。許多人都說這個弘光皇帝和他爹一樣，刻薄寡恩，為了尋求新歡，殺掉自己原來的舊人。
更有東林黨散布說，現在的弘光皇帝朱由崧本身就是假冒，真的小福王早就死在逃難的路上了，朱由崧不肯見這位童氏，是怕被當眾揭穿。
很快，這種半真半假的陰謀論就人盡皆知，讓許多不喜歡朱由崧的人奉為實據，處處聚眾抨擊。
緊接著第三件威力最大的事情來到了，這就是“北來太子”案。明鴻臚寺少卿高夢箕的一位家仆名叫穆虎，從北方逃出，南下去投奔主人。途中遇到一個少年同行，當晚脫衣就寢，此人露出了繡龍內衣。穆虎非常驚奇，就追問起少年身份，這個少年說自己是個逃難王子。
過了幾天，彼此相處漸熟，少年又說自己是太子，并對穆虎談到農民軍入京后的情況，還講述了不少宮廷舊事。
高夢箕把這件事上奏朝廷，朱由崧得報后，立即派內監馮進朝將這位“太子”押來。決定讓原先在東宮侍奉太子的一位姓張和姓王的太監去辨認一下這位南下的“太子”，結果三人一見面就抱頭痛哭，兩個太監直接確認了太子的身份。
朱由崧得知后大驚，又找來幾位曾經在京城教過太子讀書的翰林辨認，在見過“太子”后，只有一位叫王鐸的翰林，說這人不是真太子，其它人都莫不做聲，沒有表態。這個時節，宮里傳來消息，當初在東宮服侍太子的那兩個太監回到皇宮后，直接被弘光帝朱由崧打死了。于是所有人都懷疑太子是真，朱由崧想要殺人滅口。
由于朱由崧失盡民心，駐外武將和全國軍民對太子存有幻想，因而一致相信“太子”是真。
駐防廬州的靖南伯黃得功、駐守武昌的左良玉、坐鎮九江總督軍務的袁繼咸、總督湖廣四省軍務的何騰蛟先后上疏，主張“多召東宮舊臣辨認”，沒有最終認定，不能隨便殺害。這讓朱由崧不敢貿然殺人，這位“太子”就一直被囚禁在獄中。
本身就已人心浮動，從文臣到武將，再到黎民百姓，都認為被關起來的太子是真。
于是在民間又有傳說，當今弘光帝朱由崧根本就不是福王的親子，福王子孫在當年已經全部被李自成殺死，馬士英為把持朝政，隨便找了一個男子，把它當做福王兒子，于是所有的矛頭開始對向馬士英和弘光帝朱由崧。
鎮守武昌的左良玉擁兵自重，平日與東林黨人關系不錯。對馬士英、阮大成黨把持的弘光朝廷早已心懷不滿。聽說“太子”被囚，早就不滿左良玉拍案而起，自稱有太子手諭，以“清君側”為名起兵，要進南京討伐馬士英，掀起了弘光朝最大的一場內亂。
在左良玉興兵的同時，南下的清軍也開始大舉進攻，攻打揚州、泗州、徐州等地，很快就要打到南京城下。左良玉魯莽的行為使弘光朝廷不得不雙線作戰。
南京城破之際，弘光帝帶著一部分人的撒腿就跑。弘光帝一跑，以監生趙秦為首的民眾就打開大獄，迎出“太子”，想讓他做了皇帝。
但擔任南京守備的趙之龍立場堅定，果斷制止，皇帝剛跑路，你們就另立新君，成何體統。然后，他就和錢謙益、王鐸等人向大清朝豫親王多鐸獻城投降了。
朱由崧乘夜棄城出奔，南京城中一片混亂。在逃到蕪湖一帶時，跟著朱由崧總兵田雄、馬得功、丘鉞、張杰、黃名、陳獻策沖上御舟，劫持弘光帝，將其獻給前來追殺的多鐸。
在擒獲弘光帝后不久，那位“太子”也成清軍的俘虜，多鐸故意擺下宴席，請弘光帝和“太子”赴宴。
酒席中，多鐸讓“太子”坐在弘光帝之上，并當面指責弘光帝：“崇禎太子大老遠逃難至，你不讓位，還將其下獄囚禁，于心何忍？”
弘光帝無話可說。之后，他被清軍押送到北京處決。真假難辨的“太子”也被一并處死。
從此，唯一有希望保住大明半壁江山的弘光小朝廷覆滅了。
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