對倭之戰與和，朱翊鈞有自己的看法，朝鮮與遼東一衣帶水，又能在貿易上牽制東虜，倭侵朝鮮，勢必影響遼東安危，而遼東安危關系京師安全，這不得不讓他慎重以待。
幾日后，太仆寺發馬價銀二十五萬七千兩，作為水陸各兵三月的糧餉，及防倭官的犒賞。
不日，戶部尚書楊俊民又上疏，遼東所積米豆及朝鮮見報糧數只有二十余萬石，恐經用不足，請行山東發公帑三萬兩，委官買糴運至登萊海口，再令淮船運至旅順，遼船運至朝鮮，又偕臨、德二倉米各二萬石運至登萊轉運。
朱翊鈞批準，另諭旨事關軍機不許延誤。
即使出高價買糧，好歹初期的糧餉算是有了著落，至五月下旬，刑玠抵達遼東，之前，他已命麻貴率一萬七千宣大兵向鴨綠江進發。
就在六月，日本已有上千艘艦船停靠在釜山，刑玠抵達遼東之后，探知倭軍在建城堡，貯淡水，為大戰做準備。
七月丙辰，刑玠即呈上用兵方略：“臣謂一取釜山，則行長擒，清正走，自是奇著。楊元、吳惟忠甫至王京，擬遣二將分屯全羅之南原、慶尚之大丘，慶州大將軍駐王京，居中調度。
已聞南原城圮盡，慶尚一道半為賊據，孤單難入。乃檄楊元趲餉整理南原，吳惟忠姑往忠州。
入夏雨住，麻將軍七月初始至碧蹄館，王京去釜山千四百里，而南原、忠州乘相去數百里，勢難趨搗。
且行長營釜山，清正營西生浦，如破釜山，陸路必由梁山，梁山西北有峻嶺，南有三浪大江，直通金海、竹島二處，皆咽喉地，倭并伏勁兵，不可不防……
倭水陸各一只在梁山東西扼險，我后無應援，再益以機張等兵自東來，益不可當。如破清正，陸路自西而東，則由東萊、機張，自北而南，則由慶州、蔚山，此路東南大海，西北山嶺稻田，只可用步兵。
水路必自東而西，有長髻、甘浦、開云，而長髻水兵極單弱，故雖有奇著，而勢未可乘。臣以為倭所依者稅，而水戰不利正兵，須東西各水兵一支牽其回顧，陸兵方可沖突，仍一軍屯南原捍全羅，一軍屯大丘扼慶尚，一軍屯全慶，中如晉忠宜寧為中堅，然后分向釜山、機張，兩陸路、水兵東西四面齊發，此正著而兵糧不齊難輕動，請持久以老之。”
朱翊鈞收到刑玠的奏疏，即刻批復：與經理總兵密圖進止，朝廷信任自專，惟求全勝，不論遲速。
此時已是七月仲夏，京城一派夏日炎炎之景，但就在上個月還經常是大雨如注，晝夜不止，尤其十九日那晚，電閃雷鳴，身在啟祥宮的朱翊鈞再次從夢中驚醒。
醒來那刻，朱翊鈞心臟猛的一跳，一種不好的念頭無端從心里漸漸冒出。就在剛才，他在夢里還遇見一個哭泣的女人，他不知道她是誰，又為何哭泣？只是驚詫她怎么那么多淚水。
沒過多久，宮里似乎已亂成了一片，太監們高亢刺耳的聲音響徹大殿：“走水了…走水了……”
乾清宮近侍很快來到朱翊鈞身邊，一臉驚慌失措：“爺，不好了！皇極殿走水了。”
朱翊鈞聞言神色一緊，道：“怎么回事？”
近侍回道：“是天火先引燃了歸極門，后來延燒到了皇極殿，然后文武二閣也跟著起火，一時俱燼。”
朱翊鈞聽了久久沒有說話，又想起去年三月的那場大火，他同樣是在夢中驚醒，只是那次夢里遇見的人是楊汝常。
“因果報應……難不成真應了是因果報應？”朱翊鈞口中喃喃道。
幾日后，三殿受災的消息也登上了邸報，同朝鮮戰事并列。用了百十來字，卻并未描寫受災的慘狀，只是列舉了自有明以來，歷次宮廷火災：永樂十九年，三殿災；正統十四年夏，南京宮殿災；弘治十一年，乾清、坤寧災；正德九年，乾清宮災；嘉靖二十年，九廟災；三十六年，三殿及午門俱災；四十年，萬壽宮災……自永樂辛丑，到萬歷丁酉，俱是已酉丑午，戍丙丁戊年月，宮殿俱災，國朝以來之所未有之。
這邸報讓人看了都覺得晦氣，字里行間透著一股王朝末路的頹廢。
就在三殿受災的前幾日，即六月十四，楊元親領三千兵馬進入了南原城。
同樣是六月，駐守在竹島的鍋島直茂部將豐茂守得知明軍已進入朝鮮，感到十分憂慮，他思前想后，想出一計。不過要先吸引朝方的人過來……沒多久，朝鮮兵道使金應瑞便派鄭承憲前往竹島與之會面，想看這豐茂守意欲何為？
豐茂守說的很直白：“關白已令諸將出戰，你們朝鮮有把握取勝嗎？我軍會先擊慶尚、全羅兩道，之后還兵沿海，欲奪濟州島。此時三國（道）百姓，必定死于刀口之下，我不勝憤懣。你們朝鮮為何不立即講和，以至開啟戰端？不過，現在講和還來得及，尚可免兵戈之禍。”
鄭承憲簡直驚呆了，這到底是講和還是恐嚇？他不敢相信豐茂守這番不著邊際的話，于是故意說道：“二十萬天兵已渡鴨綠江，自義州至全羅道，相繼出來，連續運糧。觀你等反復，當剿殺無疑，還有什么可講和的？”
豐茂守聽了語氣漸軟，他揮退守下，又朝鄭承憲附耳說道：“關白希望打下全羅、慶尚、濟州之后，退兵宜寧、慶州等處屯據，招募朝鮮散卒遺民聯合我軍大作農事，儲備兵糧，年復一年，以圖蠶食朝鮮。而且他還勒令我等部將以妻子、兒女作為人質，萬勿違抗命令，我已不得已交出了我的家人。”
“現在關白又下了新的命令，說朝鮮多山城，攻城之難遠非壬辰可比，宜寧、慶州這兩處，即便花費一年，也要將其攻克。能擊者重賞，不能擊者，當重罰。正是這道命令，部將們都膽氣倍增，說可以先用厚防牌和載有大銃的炮車遮前而進，就算你們投石頭、射箭也可以抵擋一陣，然后再逐漸迫近城池，城外設置木柵，與你們相持，不消數日便可攻破。你們既已知道了這些計劃，就應當做好防備。”
“還有啊，你們呢要把老弱先移走，然后領精兵入守，多多聚集糧草、軍器，城池呢也要圍個四五圈，這樣才能保萬無一失。即便外郭守不住還有內城，軍心有所依仗，城池必定可保全。你要將我說的這些轉給你們兵道使，不要錯失時機。”
鄭承憲依然一臉懷疑，看著他。
豐茂守又嘆道：“我這番話看似背叛我國，但我也厭惡此次出兵。只要你們能守住一兩個城池不敗，我們日本必定撤兵，所以才對你這么說。而且你們兵使曾對我很客氣，信義難負。假如……你們軍器不備，也不必死守，萬一被我軍攻破，只會受辱于我軍，所以，千萬慎重……”
鄭承憲心情復雜地回去了，并將這些情報稟告給了金應瑞。
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八月四日，倭軍左先鋒小西行長入侵慶尚道的泗川、南海島，而右先鋒加藤清正同一天攻下咸安、草溪。
八月五日，朝鮮慶尚道的各地守將聞風而逃，晉州牧使放棄了鼎蓋山城，慶尚道右兵使金應瑞逃到了陜川，作為朝鮮最高統帥的都元帥權栗逃到了星州，都體察使李元翼逃到了金烏山城。
六日，倭軍的船只逼近了全羅道的求禮，求禮是全羅道門戶，地位十分重要，然而求禮縣監李元春棄城往南原逃去。
到了八月八日，
此時的南原城內，該逃的人已經逃了，不該逃的人也逃的差不多了，坐鎮南原的副總兵楊元開始分配城中兵力：城上布兵力八百，土堞配置兵力一千二，此外一千則作為游擊。
也是這天，倭寇右軍一路縱火，殺到了慶尚道邊境的局昌、山陰。
十日，李元春逃到了南原，楊元這才知道倭軍大體行進速度，他擔心倭軍會占據城外的蛟龍山城，于是便命南原府使放火燒光了山城的民居以及南原城外稠密的房屋。
看到蛟龍山城化為廢墟，楊元眼底還是閃過一絲后悔，當初他才進駐南原時，并沒有聽取接伴使鄭期遠的建議：放棄南原，改守蛟龍山城，如若不可，則兩城同守。
他當時直接就拒絕了，本來兵力就不多，只能固守一處，若再分心防守，豈不軍心都要渙散？并且還把蛟龍山城的軍器、糧食全搬進了南原。
可如今來看，南原地處平原，根本無險可守，還不如蛟龍山城。只是現在后悔也來不及了。
十一日，左軍從求禮出發，并在求禮北面山頭宿星嶺駐扎，隨后偵察小分隊便在城外展開偵察。十二日，小西行長等部下宿星嶺，屯兵于南原城外的源川院，其先鋒又抵達寥川河，并在東南方向三十里開外的地方放炮，一時炮聲隆隆，硝煙漫天。
同一天，全羅道兵使李福男，防御使吳應臺率一千人協守南原城。只是中途遭倭軍截殺，進城后也只剩七百人，加上楊元的三千兵馬，城內總兵力不超過五千。
八月十三，
這天，天氣似乎也挺作美，不過配著城外漫山遍野，四處黑壓壓的人影，楊元一口老血堵在喉嚨出不來。他又想起了碧蹄館那次戰役，同樣是力量懸殊……他能僅憑一千人就能殺開缺口，而讓李如松等人全身而退。
這次呢？李如松附體有戲嗎？
四門同時受敵，城內本就捉襟見肘的兵力只得分散在四處，南門是宇喜多秀家親自帶領家將駐守，他看看時辰，再看看不遠處如探囊取物一般的南原城，很快發出了攻城命令。
天空本來湛藍，可很快，就被染上了一層血色。炮火轟鳴，嚎叫、咒罵、哭泣，再配上箭矢刺入肉里的撕裂聲，石頭被重重砸下的聲音，火器射中肉體發出的沉悶聲，空氣中彌漫著血腥之氣……如此種種，就像十八層地獄的人間再現。
攻城頭一天，明軍的火炮占了優勢，到了十四日，倭軍為了盡快攻下南原，改變了進攻方式，不僅找來登城工具，還打算填平城外的護城河。并在護城河外豎起三層木柵，以防止城內突圍而出。
之前楊元命人燒毀了城外的民舍，但石墻、土壁卻沒被摧毀，此時正被倭軍當作掩體，在墻上鑿開空洞，從中向城內發射鐵炮。這一招確實有效，打死了不少明軍士兵。
雖說楊元久經沙場，但三天下來，守軍傷亡慘重，而且護城河也被倭軍填平，眼看破城在即。其實他也非一味死守，三天后，便開始尋求和談，只是小西行長的意思是希望他讓出南原，但楊元卻對使者道：“我自十五歲為將，橫行天下，戰無不勝！今以精銳十萬，來守此城！退保？無命令也！”
談判使者無法說服楊元，便從南門退去，待出了南門又回頭對城內喊道：“千余殘卒，豈能當百萬之眾？天將有何恩于朝鮮，而致貽后悔耶？”
如此動搖軍心的話果然奏效，城內殘余兵卒已毫無士氣可言。
到了十六日，倭軍再次催促楊元讓出南原城，看看眼前的形勢，耳朵里聽到的是震天的哭聲，楊元也知此城難保，城內的守軍在盼著陳愚忠的援兵，可只有他心里清楚，陳愚忠不會來。
“恐顧彼失此也，非不欲救，信地難以輕離……”
傍晚二更時分，南門就被攻破，倭軍殺將進來，此時的楊元才從夢中驚醒，顯得異常狼狽，他迅速脫掉傳報官的衣服鞋子自己穿上，拋棄了城內還在堅守的明軍、朝鮮軍，帶著自己的隨從，從西門逃走。
西門是小西行長的一萬六千兵馬守著，而小西行長得到消息后，想了想，為了將來還能與明朝談判，最終還是放了楊元一馬。
楊元堅守了四天，南原最終城破，倭軍進入南原，隨即展開屠城……
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南原失陷后果十分嚴重，駐守全州的陳愚忠為保存實力棄城而走，吳惟忠也接到撤兵命令，撤離了忠清道。倭軍隨后就長驅直入，不僅全州，黃石山城、公州等地也相繼淪陷，王京漢城岌岌可危。
南原一役，已是雪上加霜，早在七月，元均率領的朝鮮水軍被倭水軍大敗于漆川梁，幾乎全軍覆沒。如此一來，十二萬水陸大軍并進，直逼漢城。
而此時朝鮮國王李昖唯一能做的就是哀告中央朝廷：目今賊之大勢，三路并進，充斥忠清道內林川、韓山、青陽……稷山，已及京畿，剝膚之患，迫在朝夕……
盡管倭寇還在畿輔之外，漢城卻已然騷亂起來，百姓四散逃離，朝鮮王廷有朝臣獻策，讓王妃世子先幸黃海道遂安以避。
與此同時，先期入朝的明軍也陷入困境，因為二城的失守，遂造成東西皆倭的局面，勢單力薄，只有退守王京，依險漢江。
老油條麻貴此時正駐守王京，他對守住漢城并沒把握，手上兵力不過萬余，再加上與朝方配合不利，面對這樣的局勢，他不禁陷入深深思考——
“與其守漢城不如退守鴨綠江……等刑經略調來援朝大軍之后，再謀求光復漢城吧，”慮定，他便提筆給刑玠寫信，而后又去告知朝鮮國王，做好準備與他一起離開。
只是他似乎忘了此時刑總督不在朝鮮，兵務臨時調度則是在平壤的楊鎬楊經理負責。
楊鎬一聽說麻貴想放棄王京，以為不妥，于是便星夜兼程從平壤殺到王京漢城。
楊經理一身凜然，到漢城之后，立即招來麻貴：“罵替獨，你這是想趕煞？”
麻貴見到楊鎬這才一激靈，哎呀，怎的將楊經理忘記了？娘的，文官得罪不起啊！
雞賊的麻貴很快就打消了棄守的念頭，而楊鎬為收拾軍心計，決定整飭軍紀，首先就是問罪于敗將楊元及逃將陳愚忠。麻貴還想保下陳愚忠，只是楊經理早已將兩人的罪狀擬好并呈給刑玠。
尤言陳愚忠的罪責：“謂南原被圍，已傳檄愚忠催督數次，而愚忠按兵不凱南向……”
麻貴心中暗罵：免門票！瞧這話說的，好像就跟他無關一樣！老子幸虧沒有棄守，否則，指不定他要怎么打小報告呢！
刑玠得報后也很快上疏朝廷：請以重典治二將失律之罪。
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